從事野外標本採集，採集資訊建檔整理、物種鑑定、查對學名等經常性工作。此外，近年來更加緊進行典藏標本數位化檔案之製作，典藏目錄整理編訂等任務。 為維護標本典藏品質，本館標本典藏室內採用活動式軌道標本櫃，估計約可供容納 200 萬份標本。並不定期進行設施改善。 與國內外其它標本館進行複份標本交流工作，以充實本館典藏內容。