目前隸屬於本所森林生態組之林木種子冷藏庫建立於1956年,至1980年代對臺灣的造林用種子發揮極大的供需調節作用。
近年為因應冷房穩定度及研究試驗之精確度需要,於2000年將舊有庫房設備全面更新,在原址內新建的冷藏庫包含-20℃(面積12.6 m2, 31.5 m3), 4℃(面積24 m2, 60 m3)及15℃(面積15.6 m2, 39 m3)等三種低溫庫房。各溫度冷藏庫均有二組冷凍機組,其中一組備用,以達全年無休的冷藏效果,另配有電腦記錄溫、濕度資料之監控系統,可隨時繪出溫濕度曲線,配合超高低溫警報系統,使工作人員能隨時知道不正常運作的發生而能立刻排除,使精確度維持在溫度 ±1℃以內及相對溼度在60%以下之要求。
本種子庫現今以林木基因多樣性之保育與樹木基因資源之永續利用為經營目標,希望以目前設備使各類型種子均能達到其最大的儲藏壽命。
目前庫存種子計有253個樹種,約1300個種子組,並且持續增加儲藏數量。庫存種子約有4/5為長壽命的正儲型種子,先以15℃冷乾方式將種子含水率降低控制在3~7%,再以鋁箔袋密封存放於-20℃,以確保長期儲存而不失活力。
至於異儲型及中間型種子因無法長期儲藏,均以各種源為單位乾藏或濕藏於4~15℃,視各種的最佳儲藏條件而異。
這些庫存種子除能達到樹木遺傳資源的保育及利用外,透過本所進行的國際種子交換合作,也使我國在國際間對生物多樣性保育及基因資源開發能有所貢獻。

林業試驗所種子庫於2000年更新了冷房設備,設有-20℃、4℃及15℃三種庫房以儲存各類型種子及維持試驗結果之精確度。

正儲型種子先將其含水率乾燥到3~7%後以鋁箔袋密封,於-20℃進行長期儲藏。