由於全球森林資源的持續損失，「永續林業」一辭，早已跳脫理念的層級而成為全球性的公約。
舉凡蒙特婁林業永續發展準則與指標(C&I)的訂定、綠色消費市場認證與標章(C&L)制度的建立、ITTO、CIFOR熱帶森林永續發展C&I的編訂，乃至世界各國在歷次會議與協議中，針對永續林業所作出的承諾等，在在都表明了此一世界性潮流的重要性與強制性。
臺灣為地球村的一員，在全球經貿關係及政治的壓力下，無論意願高低，都將順應此一不得不然的林業改革潮流。生態系經營旨在因應環境變遷與社會訴求，結合森林生態學與環境倫理學之理論與內涵，調整林業經營的觀念與作法，以求林業之永續發展，此等經營理念發展至今，已成世界各國之共識。惟生態系經營牽涉範圍甚廣，各項工作之推展亦都處於嘗試階段，尚無一制式的作業規範可資依循。
本所於執行此一計畫之初，即體認到本計畫必需依靠團隊之力量，進行跨學門之合作方能完成，遂有任務編組構想之產生。目前各工作小組均已依程序執行所司任務，並舉辦多次現場觀摩與進度檢討會。
本所在推動森林生態系經營上，進行了下列工作：
- 出版生態系經營相關翻譯著作及報告多篇，並舉辦國際研討會、講習班與技術檢討會多場，以引進科技新知並凝聚共識。
- 進行林地分級作業並發展森林生態系經營與監測體系。
- 評估森林生態效益如水源涵養及二氧化碳吸存之量化可能性。
- 發展濱水帶經營及多元化育林作業技術。
- 發展生態旅遊及自然環境教育體系。
- 執行六龜試驗林生態系經營示範計畫及人倫柳杉人工林孔隙疏伐後生態之變動。
- 積極聯繫國外發起森林生態系經營之重要科技單位與學界，簽訂國際合作協定。