耐陰性是森林生態學及育林學的基礎概念，但卻少有樹種耐陰性的量化資訊。本研究藉光合潛力此生理功能性狀，判斷臺灣原生木本植物的耐陰等級。共測定了440種木本植物，包含434種雙子葉、1 種單子葉、5種裸子植物的光合作用性狀。結果發現供試物種的光合潛力在7.8~37.2 μmol CO2 m-2 s-1範圍，光合潛力≥ 30.0 μmol CO2 m-2 s-1有10種，最高者為蘭嶼鐵莧(Acalypha caturus)；光飽和點範圍為 740~1800 μmol photon m-2 s-1；光補償點分布於7.9~34.6 μmol photon m-2 s-1；暗呼吸率則在0.85~3.09 μmol CO2 m-2 s-1。供試434種雙子葉類判斷為耐陰等級Ⅰ (極不耐陰)、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ (極耐陰)者，分別有28、81、138、107、80種，顯示臺灣原生木本植物以中等耐陰之物種較多。所有物種4項光合性狀間都呈極顯著正相關，且光合潛力與光補償點兩者為接近1:1的關係。在屬的分類群，很少有同屬的不同物種全都歸類在同一個耐陰等級。在科的分類群，經計算全科物種耐陰性指標值，發現親緣關係較接近的幾個科，耐陰等級會相同或近似。此外，所有440物種只有17%為落葉性，耐陰等級Ⅰ、Ⅱ兩級分別有46及42%為落葉物種，而耐陰等級Ⅴ者均為常綠性。本研究已完成台灣原生種喬木類63%及灌木類 15%，共計43%原生木本植物的耐陰等級歸類，可供園藝景觀設計、林業種苗培育、造林樹種選擇、生態復育等實務工作參考，也可供量化林分演替階段之用。