油茶為臺灣早期的造林樹種，也是近年重要油料作物。油茶地上部病害為造成油茶產量與品質下降的主要原因之一，但卻缺少相關之研究。本研究經由臺灣北部及中部油茶園的病害調查，發現在北部油茶園葉部病害以餅病、葉斑病和軟腐病為主，中部則以葉斑病和炭疽病最為常見。進一步將感病油茶葉片進行組織分離，獲得真菌分離菌株，並依菌落型態進行分群後，從中選取15株真菌分離株，萃取核酸並定序與序列比對，發現油茶葉片及果實的植物病原真菌，以炭疽病菌屬(Colletotrichum spp.)真菌所占比例最高。此外，自油茶罹病葉上分離而得的菌株還包含Alternaria sp.、Botryosphaeria dothidea、Botryotinia fuckeliana (Botrytis cinerea)、Lasiodiplodia pseudotheobromae、Neofusicoccum parvum、Pestalotiopsis sp.、Phomopsis sp.、Sclerotinia sclerotiorum。這些真菌分離株皆有被報導為植物病原菌，但在油茶上的研究仍相當缺乏。進一步將真菌分離株的ITS序列進行親緣關係分析，可以發現感染油茶的炭疽病菌，主要來自於C. gloeosporioides和C. acutatum這兩個種群，並與自其他作物上分離到的常見炭疽病菌歸為同一系群，與其他葉部潛在病原真菌在類緣關係上有所區別。有鑑於炭疽病菌的兩個種群為油茶主要病原菌，本研究首次針對油茶上此兩個重要炭疽病菌種群發展快速檢測方式。透過真菌核酸ITS區域，設計3組油茶炭疽病菌之專一性引子對，利用分子檢測技術(聚合酶鏈鎖反應，PCR)來進行快速檢測。結果顯示本研究設計之引子對油茶炭疽病菌具良好專一性及靈敏度，並可成功區分在油茶上主要造成炭疽病菌的不同種群。透過快速檢測方式的建立，未來將有助於病原菌在潛伏感染時期的檢測。本研究自臺灣油茶罹病葉片上分離出炭疽病菌屬及其他8種真菌，有助於了解油茶葉部之潛在病原菌，同時針對危害嚴重之油茶炭疽病發展快速檢測技術，可作為未來油茶病害防治與健康管理之用，提供病害早期發現早期防治的管理模式