瓊崖海棠(Calophyllum inophyllum L.)為藤黃科(Clusiaceae)瓊崖海棠樹屬(Calophyllum)植物，廣泛分布於東南亞、印度、琉球、澳洲與太平洋諸島；台灣係位於本種之邊際分布區域，產於恆春半島與蘭嶼等地區。瓊崖海棠為海岸防風樹種之一，種子榨油可為化妝品及藥用，更可研發成生質能源，經濟及國土保安價值高。本研究以取自台灣、蘭嶼、東沙群島與日本琉球群島等共4個地區，8個族群，計79個瓊崖海棠樣株，應用簡單序列重覆分子指紋技術inter-simple sequence repeat, ISSR)，來探討台灣與鄰近島嶼瓊崖海棠族群之遺傳結構及各族群間的親緣關係，共使用14個引子，獲得159個多型性條帶。PGENE分析結果總基因歧異度(H)為0.2021，族群間之遺傳分化係數(Gst)為0.6385，基因流(Nm)為0.2832。由族群分子變方分析(analysis of molecularvariance, AMOVA)結果，島嶼間之變方成分為47.87% (p < 0.001)，島嶼內族群間之變方成分為14.53% (p < 0.001)，族群內個體間之變方成分為37.60% (p < 0.001)，顯示在不同島嶼與族群間已有分化趨勢。依歸群及主座標分析結果可區分為4大群，台灣、蘭嶼、東沙群島與日本琉球群島的族群均各自集成群。透過Mantel test結果顯示，族群間地理距離與遺傳距離並不顯著(r = 0.78，p = 0.99)，各族群呈隨機散佈，遺傳漂變在族群分化上扮演重要角色。綜言之，瓊崖海棠族群間基因流並不暢通，不同族群間已呈分化現象，且依歸群分析所得各族群之群聚現象，亦佐證不同島嶼間已有顯著分化，推測應受島嶼隔離之影響，導致基因流受阻並產生遺傳漂變所致。此外，瓊崖海棠族群總體的基因歧異度相較於其他濱海植物相對較低，因此建議除應採取就地保育之措施來保存現有瓊崖海棠族群外，更需進行遷地保育來保護。