木麻黃是臺灣沿海地區主要之防風樹種，其具有生長快速及廣泛的逆境適應能力，可提供土壤穩定、沿海保護及棲地復育之功能。在臺灣西部沿海木麻黃防風林遭遇到許多天然更新之限制因子，例如：土壤貧瘠、乾旱、鹽分逆境、枯落物及雜草競爭。然而，氮元素通常是植物生長主要的限制因子之一，木麻黃植物可以透過與固氮菌Frankia共生形成根瘤，藉此，獲得氮源。為了瞭解不同木麻黃林分與固氮微生物多樣性之交互關係，健康的木麻黃林分與衰敗的林分相較，是否具有較高的固氮微生物多樣性，以及木麻黃根瘤內具有多少株固氮微生物。本研究藉由引子polF-GC/polR直接擴增nifH固氮基因，並進行變性梯度膠體電泳分析，以了解土壤中固氮微生物之多樣性。研究結果顯示木麻黃根瘤中應具有2群團之固氮微生物，而不同木麻黃林分土壤中具有高度的固氮微生物群落多樣性，無論林分衰敗與否。因此，本研究證實木麻黃林分之衰敗與固氮微生物多樣性無直接的關係。