牛樟(Cinnamomum kanehirae Hayata)為台灣特有種，並且被歸為台灣闊葉樹五木之一，近年來，因著牛樟芝(Antrodia cinnamomea)在市場上的需求提升，使得牛樟木材的需求與價格也跟著提高，而天然牛樟木也面臨許多盜伐的威脅。為了牛樟保育以及分子鑑定之工作，良好且完整的牛樟基因資料庫與分子標誌系統必須被建立。本研究使用高通量的Illumina Hi-Seq 2000定序平台建立牛樟轉錄組基因資料庫，最後透過生物資訊組裝得到58,950條unigenes，N50為1292 bp，總共搜尋到具有20,135個微衛星體序列區域，其中9,353個微衛星體序列可以成功設計引子對。這些微衛星體序列資料中，以三核苷酸重複佔最多的數量，並且使用8個不同的牛樟個體對301組微衛星體體分子標誌進行測試，其中94 組可以成功擴增出目標片段。這些分子標誌可以做為未來牛樟分子鑑定、族群遺傳、保育與分子育種等各種領域廣泛應用。