森林經營對於天然檜木林生態之影響過去在台灣曾引起重大爭議，相關研究亦未有定論，因此仍需投入更多研究工作進行驗證。本研究在具有長久林業經營歷史而且仍保有廣大天然檜木林的棲蘭山區，選擇4種不同經營模式下的檜木林分進行地被植群及天然更新樹苗調查，以比較不同林型之植物多樣性與林下更新狀態。調查結果發現，枯立倒木整理後老齡林具有較高的地被植物多樣性，天然老齡林則具有較高的樹苗多樣性，而擇伐後天然更新林無論在地被植物或樹苗的多樣性皆為最低。從物種組成來看，天然老齡林的地被植物及樹苗物種均與其他林型存有明顯的區隔。不同林型的天然更新狀態也有極明顯的差異，其中以天然老齡林的樹苗量最高，分別在全部樹種以及檜木(均為台灣扁柏)樹苗上佔有77、87%。此外，91%檜苗是建立在木質殘材之上，顯見與其他樹種具有不同的生長基質偏好。
本研究顯示不同的經營模式對於檜木林的地被植群、林木天然更新具有長期的影響，人為作業過之林分雖歷經20~40年的恢復，仍未發展出近似天然老齡林的狀態。我們建議應保護及長期監測天然老齡林之生態，並可運用枯立倒木整理林內之不同植生階段來增加生物棲地種類，進而提升天然林之整體生物多樣性。至於皆伐後人工栽植林與擇伐後更新林，應積極進行中、後期撫育工作以促進林木生長並改善林況。