本所目前預算員額計有職員153人（台北總所116人、福山研究中心7人、蓮華池研究中心5人、中埔研究中心6人、六龜研究中心9人、恆春研究中心6人、太麻里研究中心4人），其中研究人員133人、行政人員20人。本所置所長1人；副所長及主任秘書各1人，並由研究員兼任；組長10人、研究中心主任6人，並由研究員或副研究員兼任。本所研究單位預算員額：研究員21人、副研究員27人、助理研究員66人、技佐4人。行政單位預算員額：除人事、主計、政風各置主任1人外，另置專門委員1人、專員3人、組員7人、辦事員及書記2人。約聘人員15人、約僱人員3人。本所現有工友（含技工、駕駛）141人，依工作業務性質，配屬於總所各組、室及各研究中心，協助各項試驗研究工作及經營管理試驗林地。

本所設組、室與研究中心，以整合試驗研究人力及物力、發揮團隊精神，全力推動重要研究議題，遂於各研究單位設置研究室，針對研究項目與目標，統合研究人員，配合跨組研究，充分發揮機動靈活的試驗研究組合。