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1991年7月林業試驗所成立森林保護系，專責森林保護之研究工作，並於2003年7月改制為森林保護組。本組設有樹木醫學及森林病理研究室、森林火研究室、森林昆蟲研究室及野生動物研究室等研究室，以進行相關森林保護之研究。

進行國內重要樹木病害研究，包括開發分子診斷鑑定技術、發病生態及健康管理研究、執行本所樹木醫學中心業務、提供樹木醫學網站服務、維護管理「林木疫情鑑定與資訊中心」(https://health.tfri.gov.tw/fhsnc/) 網站及食藥用菇類的開發利用。執行相關研究計畫，主要包括重大林木病蟲害健康管理技術建立；樹木醫療體系建立之研究；重大林木病蟲害之入侵風險評估與資訊平台建構維護；林木重要根莖腐病原PCR快速檢測技術建立；樹木細菌性癌腫病監測及防治研究；林木種媒病害之研究；森林中食藥用菇類的開發利用及種源保存；天然林疫病菌與腐霉菌的調查及影響評估等。

本研究室主要任務目標為配合森林經營過程中保護森林免於不當森林火災之危害。 主要之研究工作除協助林務局在防救森林火災之技術發展外，並針對林火原理、燃料系統及林火資料庫等基礎進行研究。 成立迄立今已建置林火燃料實驗室及林火資訊工作室，支援所須之研究儀器及相關設備。
研究主要內容為：

1. 森林火災危險度預測系統模式
本計劃以過去已有的林火危險度研究為基礎，依林火及理論建立一適合臺灣地區之林火危險度預測系統。計畫重點分為燃燒機率基本式之推導及森林使用者之林火態度調查，並將此兩項因子整合為一實務性的預測系統。


2. 森林火災對生態過程及生物多樣性之影響
野火可能對森林生態系產生正面或負面之影響，為瞭解野火對森林生態系之正負面效應，作為維護及未來管理之依據，本研究將探討野火對森林生態動態平衡、演替及生產力影響，運用林火行為模式(BEHAVE）及森林演替理論，建構不同海拔森林生態系之火後森林演替觀念模式，進行實地生態調查，最後依據分析結果提出實務應用的策略措施。


3. 森林燃料調查與測繪
影響野火最主要的環境因子有氣象、地形與燃料，其中燃料是具關鍵性影響的因子，臺灣地區有關森林燃料之質與量之調查至今缺如，因此在林火防救上無法獲得足夠的資訊作決策本研究室與宜蘭大學、臺灣大學合作進行大甲溪森林燃料之質與量的調查，並將透過遙測技術測繪出森林燃料圖，並結合GIS與林火模擬系統，可提供防火與救火之基本資訊。

本研究室的任務包括森林昆蟲的試驗研究、森林蟲害之監測、評估、預警、防範及防治研究，以協助林業經營者降低森林害蟲產生的負面影響，共同維護森林生態系的功能與服務。

此外，自1992年起本研究室同仁即積極為公私部門提供林木蟲害的診斷服務及防治諮詢。森林昆蟲研究室成立之初由張玉珍研究員主持，張研究員於1993年退休，後有趙榮台研究員接任，趙博士退休後，目前參與森林昆蟲研究的人員還有陸聲山博士、莊鈴木先生、陳一銘先生、葉文琪先生，曾經執行的研究計畫包括虎頭蜂 (Vespa spp.)、黑角舞蛾(Lymantria xylina)、松材線蟲(Bursaphelenchus xylophilus)媒介昆蟲(vector)及刺桐釉小蜂(Quadrastichus erythrinae)的生物學、生態學或防治研究；森林苗圃蟲害調查；福山森林生態系的長期生態研究；森林節肢動物多樣性國際合作研究計畫等。

曾進行的研究計畫包括：

1. 無線感測器網路應用在紫斑蝶棲地之保育監測 本研究整合自動監測儀器、有線和無線傳輸、多媒體影像資料庫管理等先進的資訊技術，蒐集紫斑蝶的影像資料和越冬棲地的氣象數位資料，以瞭解紫斑蝶越冬的行為、生態以至於越冬棲地的需求，作為保育或復育的張本。
2. 臺灣外來入侵種資料庫的更新與擴充 持續更新、擴充臺灣外來入侵種資料庫的名錄、生活史、分布、生理、生態、入侵途徑及防治方法等資訊，並增修查詢、圖像、資料匯整、相關連結等多項功能。
3. 氣候變遷下的林木外來種植食性昆蟲入侵風險評估 氣候變遷可能升高蟲害發生的風險，也可能升高外來物種入侵的風險。本計畫針對林木外來植食性昆蟲的入侵風險，透過模型進行評估，以及早因應氣候變遷的影響。
4. 森林昆蟲標本典藏之擴充與管理 持續擴充並妥善維護林業試驗所的森林昆蟲標本典藏，使之日益現代化、資訊化、友善化，能以高品質的標本材料與資訊為研究人員、決策者、教師或一般民眾服務，滿足使用者的需求。詳細資料請參見https://fact.tfri.gov.tw。
5. 林業試驗所昆蟲標本典藏數位化計畫(國科會補助) 以每年製作一萬份高解析度數位影像的速度，逐步完成本所昆蟲典藏標本之數位影像，詳細內容請參見https://fact.tfri.gov.tw/及數位典藏國家型科技計畫網站https://content.teldap.tw/main/index.php。
6. 臺東蘇鐵白輪盾介殼蟲危害監測計畫(林務局補助) 我國政府於1986年劃設「臺東蘇鐵(Cycas taitungensis)自然保留區」，以就地保育臺灣特有的臺東蘇鐵，然而外來入侵的白輪盾介殼蟲(Aulacaspis yasumatsui)卻在2005年入侵保留區，因此本研究團隊定期進入保留區取樣、監測，提供區內臺東蘇鐵、介殼蟲及其天敵族群的動態變化數據、資訊，作為林務局防治決策的參考。
7. 桉樹枝癭釉小蜂緊急防治試驗(林務局補助) 桉樹枝癭釉小蜂(Leptocybe invasa)為植食性造癭蜂，係最嚴重之桉樹害蟲之一，臺灣受害的桉樹以赤桉及玫瑰桉為主，病株生長遲緩甚至死亡，本計畫研發有效之防治方法，以降低損失。

本研究室的任務包括森林獸害之監測、評估、預警、防範及防治研究，野生動物的行為、生態與保育研究，以維護森林生態系的功能與服務。

野生動物研究室成立之初由趙榮台研究員主持，2006年由葛兆年副研究員接任迄今，其他參與研究的人員為陳一銘先生、葉文琪先生，曾經執行的研究計畫包括森林嚙齒類動物(rodent)的調查、臺灣野豬(Sus scrofa taivanus)的行為與生態研究、臺灣穿山甲(Manis pentadactyla pentadactyla)的生態、行為及保育研究、赤腹松鼠(Callosciurus erythraeus)的生態及危害研究、赤腹松鼠及鼬獾(Melogale moschata subaurantiaca)的無線電追蹤研究、自然保護區動物多樣性及群聚結構之比較評析與監測研究、都市破碎棲地特性與鳥類群聚組成變動之關係、都市公園綠地遊客對鳥類之干擾研究。

曾進行的研究計畫包括：

1. 五色鳥(Megalaima nuchalis)特性研究 評估都市與野外族群繁殖表現差異原因，評估都市與野外族群巢樹與巢洞利用差異原因，評估人工段木利用情形。
2. 棲蘭山檜木林永續經營之研究 調查檜木天然林及枯立倒木整理林之動物物種並計算群聚介量，建立能反映檜木林生物多樣性復育狀況的監測技術，評估與動物群聚組成相關之棲地因子並進行調查。
3. 綠色造林地野生動物監測及對農地影響研究 比較分析台糖造林地、鄰近次生林及附近農地的生物多樣性及生物群聚，建立捕捉野生動物及無線電追蹤等技術，並進行動物移動廊道試驗。

姓名：張勵婉 副研究員兼組長
E-Mail：liwanc@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：森林動態學研究；綜理原生林、都市森林、野生動物保育及植物病蟲害研究

姓名：張東柱 研究員
E-Mail：ttchang@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務： 森林病理、森林真菌資源研究

姓名：葛兆年 研究員
E-Mail：nien@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務： 鳥類與生物多樣性研究與保育

姓名：傅春旭 研究員
E-Mail：fch@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：森林病害診斷、真菌研究

姓名：汪澤宏 副研究員
E-mail： josephwang23@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：森林害蟲系統分類、森林害蟲綜合防治

姓名：莊鈴木 助理研究員
E-Mail：lmjaung@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務： 森林蟲害診斷、昆蟲研究

姓名：徐孟豪 助理研究員
E-mail：catflea@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：樹木蟲害研究、森林昆蟲生態

姓名：劉則言 助理研究員
E-mail：tyliu@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：樹木病蟲害檢測技術開發、森林病害防治、都市林管理

姓名：傅淑瑋 助理研究員
E-Mail：swfu@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務： 鳥類行為及多樣性研究、無人機應用

姓名：林介龍 助理研究員
E-Mail：dragonlin@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務：真菌學、林木病蟲害生物防治技術研究、植群生態與植物分類

姓名：陳一銘 技佐
E-Mail：ymchen@tfri.gov.tw
研究領域及負責業務： 野生動物研究、監測與保育