藥用植物原為森林副產物或林木主林分之一部分，以往林業經營方式多注重森林主產物（林木本體）之經營價值，鮮有特別重視森林副產物中之藥用植物者； 近年由於自然療法的風行，藥用植物遂受到社會大眾及醫學界的重視。蓮華池研究中心所轄區原名藥草園，日治時期曾被設置為藥用植物栽培試驗地，即因本區域內 之森林組成植物相中具有藥效的植物多達四百餘種之故。
本研究中心承農委會及農林廳補助之「蓮華池地區自然資源保育計劃」所獲資料及藥園等相關硬體設備，於民國79年在第三林區蓮花池畔設置了藥用植 物標本園約二公頃，並在后崙苗圃設有特用植物培育溫室一棟，作為培育及馴化野生藥用植物的場所。
本藥用植物園之成立，主要是希望能引起相關機構學者專家參與研究，並提供一處直接觀察生鮮藥用植物之場所。設置至今已有不少學校機關團體前來參觀實習，爾後將繼續加強整理補充培育栽植，以使本園更趨完善，加強與相關機構之聯繫，發揮藥用植物園之最大功用。