西元1911年殖產局附屬林業試驗場成立，以臺北苗圃為林業試驗場本場，西元1921年1月22日，正式發佈林業試驗場本場基地為植物園，8月中央研究所成立，接管原殖產局林業試驗場，另設林業部，植物園仍歸林業部管轄，除繼續原有工作外，植物園亦派員前往歐、美、澳、非洲及東南亞一帶，多方收集樹種，運回培育。到西元1930年左右，園內已栽種1120種植物，其中泰半為國外引進者，對於學術及自然科學之教育貢獻殊鉅。不幸，二次大戰期間，園區建設中輟，樹木枯竭殆盡。1945年後，在林業試驗所積極經營下，竭人力財力，將園區重行整理，同時積極引種栽植。至今，園區內之建築與植物種類已遠超過以往盛況，搜羅之植物多達2千餘種。

目前園區蒐集栽種之植物共有135科700餘種，計4千餘株。為因應民眾遊憩的需求，並推廣自然教育，園區以限制入園人數的方式開放參觀。園區內設置各項解說、遊憩設施，以服務參觀民眾，如步道、指示牌、木橋、涼亭、林間教室、坐椅等。

本研究中心承農委會及農林廳補助之「蓮華池地區自然資源保育計劃」所獲資料及藥園等相關硬體設備，於民國79年在第三林區蓮花池畔設置了藥用植 物標本園約二公頃，並在后崙苗圃設有特用植物培育溫室一棟，作為培育及馴化野生藥用植物的場所。

本藥用植物園之成立，主要是希望能引起相關機構學者專家參與研究，並提供一處直接觀察生鮮藥用植物之場所。設置至今已有不少學校機關團體前來參觀實習，爾後將繼續加強整理補充培育栽植，以使本園更趨完善，加強與相關機構之聯繫，發揮藥用植物園之最大功用。

園區內種植之樹木採同一樹種群狀栽植之方式，林相優美，逐成為嘉義市重要的綠地，區內樹木參天，享有嘉義市八景之一「林場風清」之美譽。為因應 時代潮流及提昇本園之效能，除持續發揮原有研究試驗功能外，更積極規劃成具知識性及教育性的都市型植物園區，同時加強學術研究、生態資源保育、環境教育與 休閒遊憩等內涵，兼具公益性與褔利社會之多目標功能。

目前園區仍保留大面積群狀栽植者，有大葉桃花心木、肯氏南洋杉、黑板樹及巴西橡膠樹等，為中、南部地區學術研究、教學參觀及民眾休閒的重要場所，近期也進行了水土保持、園區步道、水生生態池與林下地被植物栽植等之整建工作，逐步強化本園區之各項功能。

園區之經營管理區分為草皮植物區、綠化資源區、竹類植物區、都市複層林景觀區、灌木植物區、蔓藤植物區、香花植物區與苗圃區等，以發展成南部熱帶都會型植物園區為目標，兼具學術研究、資源保育、環境教育與休閒遊憩等多功能。

扇平位於高雄縣茂林鄉，日治時代原為日本京都大學演習林之一部份。光復後，幾經變革，現隸屬農業部林業試驗所六龜研究中心。扇平試驗站原有四大工作任務：1.扇平苗圃為一提供育苗業務之重要場所。2.金雞納樹皮曬場。3.樹木標本園。4.南臺灣最主要之森林研究據點， 現仍持續進行試驗研究工作，提供研究人員一個歇腳與交換研究心得的驛站。

近年來有鑑於自然生態教育之重要，經由自然環境多樣性、發展 可行性與交通便利性等各項因子之評估作業，特選定扇平試驗站為中心據點，規劃為森林教室，尤其84年度起，在省府專案計劃預算支持下，從事扇平自然教育區 之規畫與設置，以推廣森林生態教育，全區劃分為「生態保護區」、「自然生態教育區」及「行政設施中心」等三個部分，面積 933公頃。建造理念以「教育」為主旨，希望參與者由接近自然、認識自然的方式，瞭解人類與大自然的關係。

本區的鳥種共計有134 種，其中留鳥部分約佔了全台的三分之二，向來是台灣南部的賞鳥重鎮，所以被稱為「賞鳥者的天堂」。在園區曾經拍攝過了一部名聞遐邇的生態影片－「藍鵲飛 過」，及有一半以上鏡頭的「台灣野鳥百年紀」，以及令人矚目的「朱鸝展翅」影片。所以來扇平「日看藍鵲、朱鸝，夜尋領角鴞」，便是賞鳥者重要行程。

人文的扇平，同樣有著豐富的內涵。其中魯凱族的石板屋，正是保存傳統建築文化特色的最佳實例，其為原住民多就地取材，使用板岩建造而成。早期原住民所踏 出最早的越嶺道，如今部分成了林道，部分則留下遺址，成了歷史古道。而南鳳林道外緣的稜線，也就是日本人當年沿著越嶺道開鑿警備道路的遺址－「隘勇道」； 這些文化遺產，值得一訪其究。

恆春熱帶植物園佔地面積近64公頃，現有展示區包括蘭嶼植物、民俗植物、藤本植物、水生植物、恆春半島植物、蘇鐵植物、熱帶果樹、稀有植物、豆科植物、白榕植物、榕屬植物、椰子植物、殼斗科植物、樟科植物區、變葉木植物、天南星科植物和蕨類植物等17個主題展示區，周圍是高位珊瑚礁原始林，具豐富的自然資源，可說是一兼具教育、研究及遊憩功能的植物園。

「生態教育館」位於本中心行政區北側，係一棟三層樓ㄇ字型建物，自民國93年起分年編列經費進行主體建物新建暨內部裝修等工程，迄民國96年12月全部完工並落成啟用；一樓設置階梯式視聽教室(包括電腦、單槍投影機、DVD撥放器及廣播系統等視聽設備)，二樓為會議室(包括電腦、單槍投影機及廣播設備)、小型研討室、圖書室及學員宿舍，三樓為展示室、志工值勤室及學員宿舍。

空間造型以木材的顯微細胞組織作為整體造型創意之基本構思，對應詩作的文字內涵，準確地達成標本空間的展示功能及目的，同時巧妙傳達木材與人生的生活關連。展示設計手法以高科技的語言展示木竹的天然標本，將詩意空間的意境結合顯微空間的想像力，展現創新設計。

在展示功能上將木材展示館與植物園樹木展現空間之綜合林業展示連結成系列參觀行程，加強木竹材與林業相關知識之深度展示，並提供木竹材標本展示空間提供民眾參觀及教學活動空間。