本研究聚焦於臺灣都市林常見樹種臺灣杉、香杉、相思樹及樟樹，成功利用選擇性培養基與微生物分離技術，系統性鑑定分離出超過200株微生物菌株，並經過嚴謹篩選與分類，最終保留近60株潛在的有益微生物，主要屬於Trichoderma真菌和Bacillus細菌兩大類群。這些菌株經對峙培養法評估其對褐根病菌、相思樹萎凋病菌與炭疽病菌的抑制效果，部份Bacillus菌株展現出較佳的抑制能力，顯示出顯著的生物防治潛力。此外，本研究建立了系統化的有益微生物篩選與功能性分析流程，包含菌株的基因定序鑑定及長期保存技術，完善了菌株資源的保存與管理，為今後與產學界、政府部門的合作研究提供了重要素材與基礎。菌株基因體分析揭示出群體多樣性及不同生態棲地菌株的特殊抗病機制，為開展更深入的功能研究與生物製劑開發奠定了基礎。本研究實際驗證了樹木地上部與地下部微生物群落分布的多樣性與其抗病功能，透過分離、篩選和功能實驗，清楚證明部分有益微生物菌株能有效抑制都市林主要病原，並嘗試將其應用於病害防治中。此一研究不僅豐富了都市林生態系統微生物資源，更持續推進都市樹木病害防治策略的創新與實踐，間接促進國內樹木健康管理效率的提升。以降低化學農藥使用量、保障都市綠地安全及提升自然環境保育成效，兼具社會、經濟與環境三方面正向效益。迄今本計畫發表技術報告1篇、研討會論文1篇，並與國立臺灣大學、中央研究院等單位組成專業研究團隊，強化了研究合作與成果的社會擴散效應，奠定未來發展高效生物防治技術及推廣的堅實基礎。