本所的昆蟲標本蒐藏早自日治時代便已開始，其中不乏珍貴稀有的種類，例如：大樺斑蝶、大紫斑蝶等，現今已經滅絕的種類，這些標本已為森林資源保育以及森林害蟲防治等工作奠定堅實的基礎。　　

本所館藏的昆蟲酒精浸液標本有五十萬份、昆蟲乾燥標本已超過十七萬份，以鱗翅目最多（十一萬餘份），其次為膜翅目（一萬五千餘份）、鞘翅目（一萬餘份）、半翅目兩千餘份、雙翅目一千七百餘份、蜻蛉目一千餘份、直翅目一千餘份、其他為3萬多份未分類標本；均已納入標本櫃／標本箱／標本盒，所有標本之蟲籤規格化並完成條碼系統，將資料輸入資料庫管理系統和標本館開放網站(http://fact.tfri.gov.tw/)，供民眾查詢瀏覽。

今後除了繼續赴各地採集標本，昆蟲的分類鑑定是我們需要加強努力的方向，也希望與國內外昆蟲標本館交換標本與資訊，以增加臺灣森林昆蟲之相關資訊、提昇學術研究水準。

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