由於全球森林資源的持續損失，「永續林業」一辭，早已跳脫理念的層級而成為全球性的公約。舉凡蒙特婁林業永續發展準則與指標(C&I)的訂定、綠色消費市場認證與標章(C&L)制度的建立、ITTO、CIFOR熱帶森林永續發展C&I的編訂，乃至世界各國在歷次會議與協議中，針對永續林業所作出的承諾等，在在都表明了此一世界性潮流的重要性與強制性。臺灣為地球村的一員，在全球經貿關係及政治的壓力下，無論意願高低，都將順應此一不得不然的林業改革潮流。六龜試驗林森林生態系經營(Ecosystem management, EM)計畫的成型，便是順應此一潮流的具體啟始行動。

　　生態系經營旨在因應環境變遷與社會訴求，結合森林生態學與環境倫理學之理論與內涵，調整林業經營的觀念與作法，以求林業之永續發展，此等經營理念發展至今，已成世界各國之共識。惟生態系經營牽涉範圍甚廣，各項工作之推展亦都處於嘗試階段，尚無一制式的作業規範可資依循。本所於執行此一計畫之初，即體認到本計畫必需依靠團隊之力量，進行跨學門之合作方能完成，遂有任務編組構想之產生。目前各工作小組均已依程序執行所司任務，並舉辦多次現場觀摩與進度檢討會，由於先驅計畫推動順利，本所已於本年度起擴大工作層面，進行六龜試驗林生態系經營計畫的編訂，並明定為六龜試驗林經營管理第四期五年計畫。本所在推動森林生態系經營上，進行了下列工作：
1.出版生態系經營相關翻譯著作及報告多篇，並舉辦國際研討會、講習班與技術檢討會多場，以引進科技新知並凝聚共識。
　◎六龜試驗林生態系經營實務(楊政川)  DOC   PDF
　◎生態系經營計畫的編訂(劉一新)  DOC   PDF
　◎生態系經營之理論基礎(劉一新)  DOC   PDF
　◎六龜試驗林生態系經營介紹(劉一新)  DOC   PDF

2.進行林地分級作業並發展森林生態系經營與監測體系
3.評估森林生態效益如水源涵養及二氧化碳吸存之量化可能性
4.發展濱水帶經營及多元化育林作業技術
5.發展生態旅遊及自然環境教育體系
6.編訂並執行六龜試驗林生態系經營示範計畫
7.積極聯繫國外發起森林生態系經營之重要科技單位與學界，簽訂國際合作協定