| 台北植物園 |
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林業試驗所附屬的臺北植物園位於臺北市西南側，在博愛路南端，佔地約８公頃。西元1896年，日本統治臺灣，在小南門外官有地先闢建苗圃，由殖產部拓殖課之林業試驗場管理，面積初不及５公頃，而後迭經購地擴建，一度達15公頃之多，除一部分供育苗外，餘均劃分區域，闢為母樹園，低窪處則挖掘為池沼，分別自台灣或日本採運母樹植於園內，並插名牌，以資普及植物教育。
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| 福山植物園 |
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福山植物園為林業試驗所福山研究中心試驗林之一部分，園區有系統的蒐集、保存和栽培台灣中低海拔木本植物，以期成為植物的博物館，提供林業研究、教學實習、生態環境教育及保存林木種源之基地。園區展示區之配置，主要按恩格勒(Engler)氏分類的次序，設有裸子植物、離瓣花、合瓣花、杜鵑花、竹等區；又依植物特殊用途，設置特用植物區；另依生態特性設有水生、草本植物區，並保存天然林展示原生林相。
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| 蓮華池藥用植物園 |
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藥用植物原為森林副產物或林木主林分之一部分，以往林業經營方式多注重森林主產物（林木本體）之經營價值，鮮有特別重視林林副產物中之藥用植物者；近年由於自然療法的風行，藥用植物遂頗受到社會大眾及醫學界的重視。蓮華池研究中心所轄區原名藥草園，日治時期曾被設置為藥用植物栽培試驗地，即因本區域內之森林組成植物相中具有藥效的植物多達四百餘種之故。
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| 山仔頂植物園 |
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山仔頂植物園位於嘉義市東區，緊鄰嘉義市嘉義公園，面積約8.3公頃，民國前4年設立，其前身為日治時代之「山仔頂試驗地」，是橡膠樹類之栽植試驗地。民國10年，曾將本試驗地及苗圃（在埤子頭）合併而成立「嘉義林業試驗支所」。
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| 四湖海岸植物園 |
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四湖海岸植物園位於雲林縣四湖鄉林厝村濱海地區，面積約22公頃，民國82年設立，主要從事環境保護林育林技術研究，海岸防風林之營造及林相改良等作業體系之研發，建立西部濱海地區物種保存場所，以做為本地植物學研究及長期選育原生樹種，提供海岸林自然教育之多目標園區。
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| 埤子頭植物園 |
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埤子頭植物園位於嘉義市西區，面積約4.6公頃，西元1908年設立，原為橡膠樹之繁殖試驗苗圃地，隨時代的變遷，進而作為造林樹種與綠美化苗木培育之場所，曾為嘉義市八景之一。
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| 扇平森林生態科學園 |
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海拔七百五十公尺的扇平自然教育中心，森林生態系相當完整，孕育著豐富的生物資源，清澈的扇平溪貫穿其間，滋潤境內的珍奇異木，成為觀察大自然的最佳場所，森林帶以樟科及殼斗科植物為主。根據調查，高等植物有658種，蝴蝶已知有139種，蛾類至少上千種，其它甲蟲類估計至少有五十科，哺乳類種類繁多，亦不難尋其蹤跡。
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| 恆春熱帶植物園 |
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台灣現有的植物園，在世界植物園名錄列名的有臺北植物園和恆春熱帶植物園，分別在1921年及1906年設立，均隸屬於林業試驗所。此外，隸屬林試所所有的植物園或樹木園尚有日治時代設置的原橡膠樹栽植試驗地，發展而來之嘉義熱帶樹木園，和光復後設置之六龜分所扇平竹類標本園，1990年設置之福山植物園。
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